Schutz und Erhaltung der naturnahen Laubwälder sowie des natürlichen Verlaufes der Selke und ihrer Zuflüsse; Schutz der Lebensräume zahlreicher gefährdeter Tier- und Pflanzenarten. 

Das NSG (200-380 m ü. NN) liegt im LSG "Harz und Vorländer" ca. 4 km südlich von Ballenstedt. Es erfasst das Tal der Selke von Meisdorf bis in den Grenzbereich zum Landkreis Quedlinburg.

 Das Selketal ist reich an naturnahen Laubwäldern:

• Bodensaurer Wachtelweizen-Traubeneichen-Buchenwald (Luzulo luzuloides-Fagetum) an den Schatthängen, der an Oberhangkanten trockene Ausbildungen mit Echtem Schafschwingel (Festuca ovina) zeigt,
• Bergahorn-Buchenwald in frischen und nährstoffreichen Kolluvialmulden,
• Ahorn-Eschen-Schluchtwald (Fraxino-Aceretum pseudoplatani) mit Ausdauerndem Silberblatt (Lunaria rediviva) auf schattigen Steilhängen und Runsen,
• Erlen-Eschenwälder im Talgrund.

Im Talgrund überwiegt jedoch das Grünland.
Zum Teil kommen noch Schlangenknöterich-Kohldistelwiesen (Angelico sylvestris-Cirsietum oleracei) vor. Auf nicht mehr genutzten Flächen siedeln zunehmend verbuschende Landreitgras-Fluren. Feuchte Staudenfluren, Riede, Röhrichte und Weidengebüsche säumen das Ufer.
Die Südhänge tragen xerotherme Vegetationskomplexe aus

• Felsfluren,
• Felsspaltengesellschaften,
• Trockenrasen (Thymo-Festucetum cinereae),
• Halbtrockenrasen (Adonido-Brachypodietum pinnati) mit Federgras und
• Felsgebüschen mit Gemeiner Zwergmispel.

Daran schließen sich Pechnelken-Eichenwälder (Genisto tinctoriae-Quercetum) an.

Pilze des Gebietes sind

• Mycena crocata im Schluchtwald,
• Geastrum fimbriatum und
• Oudemansiella mucida im Hainwachtelweizen-Buchenwald sowie
• Inonotus dryadeus und Hericium erinaceus in den Eichentrockenwäldern und offenen Xerothermkomplexen.

Das Selketal ist Lebensraum der Wildkatze (Felis silvestris).
Im Naturschutzgebiet kommen seltene Fledermausarten vor:

• Kleiner Abendsegler (Nyctalus leisleri),
• Bechsteinfledermaus (Myotis bechsteini),
• Kleine Hufeisennase (Rhinolophus hipposideros)
• Braunes Langohr (Plecotus auritus)

Das Selketal ist ein Verbreitungsschwerpunkt für die größte bekannte baumbrütende Mauerseglerpopulation Deutschlands.
Weiterhin brüten im Gebiet z. B.

• Mittelspecht (Dendrocopos medius)
• Wasseramsel (Cinclus cinclus),
• Eisvogel (Alcedo atthis) sowie vereinzelt
• Zwergfliegenschnäpper und Halsbandschnäpper (Ficedula albicollis).

Das Selketal bietet auch verschiedenen Lurcharten geeignete Lebensbedingungen:

• Feuersalamander (Salamandra salamandra),
• Berg- (Tritusus alpestris) und
• Teichmolch (Triturus vulgaris),
• Geburtshelferkröte (Alytes obstetricans),
• Erdkröte (Bufo bufo) und
• Grasfrosch (Rana temporaria).

Die Selke ist bevorzugter Lebensraum der Groppe (Cottus gobio).
Eine typische Libellenart der Selke ist die Zweigestreifte Quelljungfer (Cordulegaster boltoni).