Erhaltung und Förderung eines Flachwassersees mit verschiedenen Verlandungsstadien und den dafür charakteristischen Pflanzengesellschaften; Schutz der artenreichen Avifauna. 

Das NSG (25 - 40 m ü. NN) ist Bestandteil des Ramsar-Gebietes und EU SPA/FFH-Gebietes "Untere Havel/Sachsen-Anhalt und Schollener See" und liegt in der einstweilig sichergestellten Erweiterungsfläche des LSG "Untere Havel".
Das NSG schließt unmittelbar westlich an den Ort Schollene an, der ca. 12 km nordwestlich von Rathenow entfernt ist.

Der Schollener See befindet sich im Bereich der Unteren Havelniederung. Er entstand in einer Seitenbucht des Durchbruchs der Urelbe. Der See ist nach unten durch Schluffe und Tone abgedichtet. Über eine Verbindung von Havel und See wirken sich Wasserspiegelschwankungen der Havel auf den See aus. Die mächtigen, vorwiegend aus Diatomeen bestehenden Schlammablagerungen des Sees werden als Heilschlamm (Pelose) abgebaut.

Der See weist einen breiten Verlandungsgürtel mit organogenen Schwingdecken und schwimmenden Inseln auf. Die Röhrichte sowie Grauweiden- (Salicetum cinereae) und Lorbeerweiden-Grauweiden-Gebüsche (Salicetum pentandro-cinereae) sowie Erlengebüsche bilden nicht nur den Ufersaum, sondern auch die schwimmenden Inseln. Die Tausendblatt-Teichrosen-Gesellschaft (Myriophyllo-Nupharetum luteae) tritt kleinflächig auf.

Wasserseitig entwickeln sich großflächig Schilf-Röhrichte (Phragmitetum australis) mit eingestreuten Breit- bzw. Schmalblattrohrkolben-Röhrichten (Typhetum latifoliae bzw. T. angustifoliae). Hervorzuheben ist das Vorkommen der kontinentalen Röhricht-Brennessel (Urtica kioviensis) in der Verlandungszone. Diese Pflanze erreicht in diesem Gebiet nahezu ihre westliche Verbreitungsgrenze.
Zum Naturschutzgebiet gehören auch größere Ackerflächen und extensiv bewirtschaftete Niedermoorwiesen mit verschiedenen Ausbildungsformen der Kohldistel-Wiese (Angelico sylvestris-Cirsietum oleracei), die örtlich in Wirtschaftsformen der Großseggen-Riede (Caricion elatae) übergehen. In Entwässerungsgräben westlich des Sees kommt die Krebsscheren- und Froschbiß-Gesellschaft (Stratiotetum aloidis) vor.
Südwestlich des Sees erhebt sich der Hügel des Gütschow (ca. 40 m ü. NN) mit Kieferalthölzern sowie Schiller- und Silbergras-Pionierfluren (Koelerio-Corynephoreteal).

Der See und die umliegenden Flächen sind Lebensraum für Elbebiber (Castor fiber albicus) und Fischotter (Lutra lutra) und beherbergen eine reiche Amphibienfauna.
Zu den Brutvögeln im Gebiet des Schollener Sees zählen

• zahlreiche Lachmöwen (Larus ridibundus),
• vereinzelt Sturmmöwen (Larus canus) und
• Silbermöwen (Larus argentatus),
• Kormorane (Phalacrocorax carbo),
• Haubentaucher (Podiceps cristatus),
• Trauerseeschwalbe (Chlidonias niger) und
• Flußseeschwalbe (Sterna hirundo),
• Rohrweihe (Circus aeruginosus),
• Große Rohrdommel (Botaurus stellaris),
• Beutelmeise (Remiz pendulinus),
• Blaukehlchen (Luscinia svecica) und
• Karmingimpel (Carpodacus erythtrinus).

Der See ist Herbstsammelplatz für Graugänse (Anser anser) und winterliches Schlafgewässer für nordische Bläß- (Anser albifrons) und Saatgänse (A. fabalis).
Auf den Niedermoorflächen brüten Kiebitz (Vanellus vanellus) und Wiesenpieper (Anthus pratensis). Diese Flächen sind auch bevorzugte Nahrungsflächen für die im Gebiet brütenden Graugänse (Anser anser).

Im Gebiet gibt es eine artenreiche Libellefauna. Ausgewählte Libellenarten des NSG sind:

• Grüne Mosaikjungfer (Aeshna viridis)
• Gebänderte Prachtlibelle (Calopteryx splendens)
• Vogel-Azurjungfer (Coenagrion ornatum)
• Kleines Granatauge (Erythromma viridulum)
• Kleine Pechlibelle (Ischnura pumilio)
• Gefleckte Smaragdlibelle (Somatochlora flavomaculata)
• Gebänderte Heidelibelle (Sympetrum pedemontanum)Kleiner Blaupfeil (Orthetrum coerulescens)