Schutz und Erhaltung der naturnahen Auenlandschaft mit der Mulde und deren Nebengewässern; Sicherung eines in seiner Strukturvielfalt einzigartigen Lebensraumes für zahlreiche, z. T. stark gefährdete Tier- und Pflanzenarten. 

Das NSG (57 - 76 m ü. NN) liegt im Biosphärenreservat und LSG "Mittlere Elbe".
Es schließt 25 km Muldelauf mit angrenzenden Auenbereichen unterschiedlicher Ausdehnung bis zur Mündung in die Elbe ein. Nicht zum Naturschutzgebiet gehören Abschnitte der Mulde in den Stadtgebieten von Jeßnitz, Raguhn und Dessau.

Die Vegetation im NSG ist äußerst vielfältig.

Auenwälder

Den Muldelauf begleiten Reste der Weichholzaue (Salicetum albae) und Weidengebüsche. Die im Bereich der Unteren Mulde großflächig erhaltenen Hartholzauenwälder (Querco-Ulmetum minoris) sind in Abhängigkeit von ihrer Beziehung zu Grundwassernähe und Überflutungsdauer unterschiedlich ausgeprägt. Als floristische Besonderheiten kommen Winter-Schachtelhalm (Equisetum hyemale) und Violette Sitter (Epipactis purpurata) vor. Verschiedene Forste sind ebenfalls vorhanden.

Wiesen 

 Das Auengrünland umfasst

• wechselfeuchte Rasenschmielenwiesen (Sanguisorbo officinalis-Silaetum silai),
• Fuchsschwanzwiesen (Galio molluginis-Alopecuretum pratensis) und
• Vielblütenhahnenfuß-Wiese (Filipendulo vulgaris Ranunculetum polyanthemi).

Auf sandigen Standorten, Dünen und stellenweise auf den Deichen siedeln Rotschwingel-Wiesen und Schafschwingel-Triften.
Grünland wechselt sich mit verschiedenen Gebüschgesellschaften, Streuobstwiesen und Ackerflächen ab.

Wasserpflanzengesellschaften

Die offenen Wasserflächen sind gekennzeichnet durch:

• Wasserlinsen- und Schwimmfarndecken (Spirodelo-Salvinietum natantis),
• Froschbiß-Krebsscheren-Gesellschaft (Stratiotetum aloides),
• Wasserfeder-Gesellschaft (Ranunculo-Hottonietum palustris),
• Hornblatt-Gesellschaft (Ceratophylletum demersi),
• Wasserpest-Gesellschaft (Elodeetum canadensis) und
• Seerosen-Gesellschaft (Myriophyllo-Nupharetum luteae).

Röhrichte und Riede

Die Röhrichte werden durch verschiedene Röhrichtgesellschaften wie

• Phragmitetum australis,
• Acoretum calami,
• Rorippo-Oenanthetum aquaticae,
• Glycerietum maximae,
• Typhetum latifoliae,
• Sparganietum erecti

in meist einartigen Beständen aufgebaut.
Das Schlankseggen-Ried (Caricetum gracilis) ist von den Seggenrieden am häufigsten vertreten.

Das Gebiet der Unteren Mulde ist Lebensraum des Elbebibers (Castor fiber albicus).

Weiterhin hat das NSG eine beachtliche Bedeutung als Brut-, Durchzugs- und Überwinterungsgebiet vieler Vogelarten. Nennenswerte Brutvögel sind u. a.

• Flußuferläufer (Tringa hypoleucos),
• Flußregenpfeifer (Charadrius dubius),
• Wespenbussard (Pernis apivorus),
• Baumfalke (Falco subbuteo),
• Rot- und Schwarzmilan (Milvus milvus, M. migrans),
• Mittelspecht (Dendrocopos medius) und
• Grauspecht (Picus canus) sowie
• Eisvogel (Alcedo atthis).

An unverbauten Steilufern existieren mehrere Uferschwalbenkolonien (Riparia riparia).
Im Gebiet überwintern u. a. hunderte Gänsesäger (Mergus merganser) und Schellenten(Bucephala clangula).
Vertreter der Herpetofauna sind

• Knoblauchkröte (Pelobates fuscus),
• Wechselkröte (Bufo viridis),
• Laubfrosch (Hyla arborea),
• Moorfrosch (Rana arvalis) sowie
• Glattnatter (Coronella austriaca).

Charakteristische Arten in der fischreichen Mulde sind Döbel (Leuciscus cephalus), Hecht (Esox lucius) und Flußbarsch (Perca fluviatilis).

In der Jonitzer Mulde bei Dessau wurden bisher 16 Arten, darunter Wels (Silurus glanis), Rapfen (Aspius aspius) und Steinbeißer (Cobitis taenia) erfaßt.
Artenreichstes Altwasser ist die Pelze mit 21 nachgewiesenen Arten, darunter

• Rapfen (Aspius aspius),
• Zope (Abramis ballerus),
• Bitterling (Rhodeus sericeus),
• Steinbeißer (Cobitis taenia),
• Karausche (Carassius carassius),
• Ukelei (Alburnus alburnus) und
• Aland (Leuciscus idus).

Der Zustand des NSG ist differenziert zu betrachten. Besondere Beeinträchtigungen liegen aufgrund der erheblichen Kontamination der Überschwemmungsflächen mit Rückständen der ehemaligen chemischen Produktion vor.
Zur Sicherung des NSG sollten einerseits eine Erweiterung der Schutzgebietsfläche in Betracht gezogen und andererseits die regelmäßige Pflege der Grünlandbereiche durchgeführt werden.
Vorhandene Uferversteinungen sind möglichst zurückzubauen.
208 ha sind als Totalreservat der ungestörten natürlichen Entwicklung vorbehalten.
Das NSG liegt im EU SPA "Mittlere Elbe einschließlich Steckby-Lödderitzer Forst" sowie im FFH-Gebiet "Untere Muldeaue".