Nach einem Brand wurde die Neumühle 1582 durch die Stadt Halle abgerissen und neu gebaut. Durch seine Flussnähe ist die Neumühle häufig von Überflutungen betroffen gewesen, was allein von 29 Hochwassermarken, die älteste stammt von 1585, an der Südwestecke dokumentiert wird. Nicht selten wird die Mühle auch als „Flutgedächtnis“ Halles bezeichnet.